ราชวงศ์ฮับบูร์กสายโปรตุเกสหรือเป็นที่รู้จักในนามราชวงศ์ฟิลิปปิน ซึ่งกำเนิดขึ้นหลังจากพระเจ้าเฟลีเปที่ 2 แห่งสเปน เข้ายึดครองโปรตุเกส และสเปนได้ปกครองโปรตุเกสตั้งแต่ พ.ศ. 2123 จนถึง พ.ศ. 2183 รวมเป็นเวลา 60 ปี ราชวงศ์เริ่มต้นเมื่อพระเจ้าเฟลีเปที่ 2 แห่งสเปน ทรงอ้างสิทธิ์ในราชบัลลังก์โปรตุเกสและสถาปนาพระองค์เองเป็นพระเจ้าเฟลีเปที่ 1 แห่งโปรตุเกส ในปี พ.ศ. 2123 และได้รับการยอมรับอบ่างเป็นทางการในปี พ.ศ. 2124 โดยคณะทหารแห่งโตมาร์ พระเจ้าเฟลิเปทรงปฏิญาณว่าจะปกครองโปรตุเกสโดยแยกจากสเปนและให้ทั้งสองประเทศดำรงความเป็นอาณาจักรร่วม แต่เมื่อพระเจ้าเฟลิเปที่ 1 สวรรคตลง ผู้สืบราชบัลลังกองค์ต่อมาก็ไม่ได้ทรงทำตามดังที่พระเจ้าเฟลิเปที่ 1 ปฏิญาณไว้

ภายใต้การปกครองของพระเจ้าเฟลิเปที่ 2 แห่งโปรตุเกส (พระเจ้าเฟลิเปที่ 3 แห่งสเปน) จักรวรรดิโปรตุเกสเริ่มล่มสลายและแตกเป็นเสี่ยงๆ จากแรงกดดันของศัตรูของจักรวรรดิสเปน พระเจ้าเฟลิเปที่ 2 และพระเจ้าเฟลิเปที่ 3 ไม่ทรงปกครองโปรตุเกสด้วยพระองค์เองแต่ทรงมอบหมายให้ขุนนางซึ่งทรงไว้วางพระทัยและให้มีอำนาจเต็มในการปกครอง

จากการปกครองของสเปนทำให้โปรตุเกสเสียสิทธิต่างๆ มากมาย เช่นการไม่ได้รับอนุญาตให้เก็บภาษีเองและต้องจ่ายภาษีแก่ชาวสเปน ทำให้โปรตุเกสสูญเสียความมั่นคงทางการเมืองและเศรษฐกิจ

ในปี พ.ศ. 2183 ชาวโปรตุเกสทนไม่ได้จากการกดขี่ของชาวสเปนจึงลุกฮือขึ้นมาต่อต้านด้วยการนำของราชวงศ์บราแกนซาจนชาวโปรตุเกสได้รับชัยชนะ และพระเจ้าเฟลิเปที่ 3 แห่งโปรตุเกส (พระเจ้าเฟลิเปที่ 4 แห่งสเปน) ทรงยอมสละราชบัลลังก์โปรตุเกสให้แก่ราชวงศ์บราแกนซาและให้อิสรภาพแก่โปรตุเกส ถือเป็นจุดสิ้นสุดของราชวงศ์ฟิลิปปินในโปรตุเกส ซึ่งสงครามในครั้งนี้รู้จักกันในนามสงครามฟื้นฟูโปรตุเกส